衛宮切嗣殺的真的是伊莉雅嗎

不是，那個是幻覺。

那個是聖盃給切嗣的幻覺，愛麗已經被用來召喚聖盃了，伊利亞當時放走了，給切嗣一個復活黑愛麗的選項，但是切嗣發現了聖盃這麼做只會導致復活了一個披著老婆外皮的此世之惡，他否定聖盃給予的願望，表現為殺死他們。並且認定聖盃只是一個幌子，根本不能拯救世界。