馬口魚屬於幾級保護魚類

目前馬口魚還沒有保護級別，馬口魚雖然不是主要的經濟魚類，但它在生物多樣性保護和生態系統中起著重要的指示作用。

要注重稀有基因個體的發現和保護，一方面對其實施特別的繁殖保護，防止隨機漂變造成基因型的喪失另一方面將其納入到繁殖群體中，使其攜帶的稀有基因能在群體中擴增。在馬口魚的人工擴增養殖活動中儘量避免近親繁殖，擴大基因交流。近親繁殖，其結果必然會直接導致馬口魚種群遺傳多樣性的貧乏。