如何从芯片中获得数据
方法分3种:
1、使用affy包读取。(HGU95/HGU133芯片)
2、使用oligo包读取。(Whole Transcriptome 芯片/ NimbleGen 芯片/ SNP芯片等)
3、使用simpleaffy包读取。(HGU95/HGU133芯片)
说明
1 使用 affy 包读取
1 justRMA
有和justRMA两种函数可供使用。justRMA整合了读取数据和rma算法处理两个步骤,可以直接读取数据生成ExpressionSet,不产生AffyBatch。
必须给出要读取的CEL文件的文件名(可以为list),justRMA在不输入任何参数的时候表示读取工作目录下所有的CEL文件。若输入justRMA(widget=T),则表示手动选择要读取的CEL文件。推荐输入包含路径的文件名(iles( = T)的返回值)。
2 batch
有batch和ReadAffy两种函数可供选择,均读取CEL文件转换成AffyBatch对象,CEL文件无论是否压缩均可读取。
batch必须给出要读取的CEL文件的文件名(可以为list)且不能更改读取路径,读取路径固定为工作路径。ReadAffy在不输入任何参数的时候表示读取工作路径下所有的CEL文件。若输入ReadAffy(widget=T),则表示手动选择要读取的CEL文件。
2 使用 oligo 包读取iles
读取CEL文件的时候推荐输入包含路径的文件名。即使用上一步代码iles(celpath, = T)的返回值。无论CEL文件是否被压缩均可读取。
3 使用 simpleaffy 包读取
使用simpleaffy包读取CEL文件需要额外提供一个描述实验分组信息(即phenoData)的covdec文件。该文件与CEL文件放在同一目录下。要求covdec文件第一列无列名,含有要读取CEL文件名,剩下的列表示实验因子。
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