卫宫切嗣杀的真的是伊莉雅吗

不是，那个是幻觉。

那个是圣杯给切嗣的幻觉，爱丽已经被用来召唤圣杯了，伊利亚当时放走了，给切嗣一个复活黑爱丽的选项，但是切嗣发现了圣杯这么做只会导致复活了一个披着老婆外皮的此世之恶，他否定圣杯给予的愿望，表现为杀死他们。并且认定圣杯只是一个幌子，根本不能拯救世界。