什麼是上游引物和下游引物

上游引物就是和要擴增基因片斷上游序列結合的引物(引物就是單鏈寡聚核昔酸，基因擴增需要從引物開始)，同理，下游引物指與目的基因片斷下游序列結合者。

普通的PCR反應(就是用來擴增基因片斷的反應)，都是有且只有一個上游引物和一個下游引物的，也就是一對引物。因為DNA有兩條鏈啊，半保留複製方式，細節你可以去看看PCR反應原理或生物體的DNA複製等內容。當然也有特殊的時候是單引物或多對引投10同時進行擴增反應的。再另外，引物是一個核昔酸一個核昔酸合成的，一般是20個核昔酸左右的長度，不會用引物去擴增引物的。

引物（Primer）在聚合作用的起始時，可以刺激合成另一種大分子，並與反應物以共價鍵形式連線的序列。在核酸化學中，引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段，可結合在核酸鏈上與之互補的區域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設計的引物被廣泛用於聚合酶鏈反應、測序和探針合成等。

自然中存在有生物的DNA複製引物（RNA引物）和聚合酶鏈式反應（PCR）中人工合成的引物（通常為DNA引物）。一般所說引物，指DNA引物，以下簡稱引物。

上游引物：DNA分子兩端不一樣，因為核苷酸分子不是對稱的，5'位有個磷酸，3'位是-OH就是：磷酸端和羥基端。DNA複製總是從5’端到3’端，因為DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以誰先複製誰上游，往後的就是下游，上游下游是個相對概念，是某一個序列/鹼基相對於另一個序列/鹼基而言。上游引物是靠近5'端的，下游引物是靠近3‘端的。

DNA是雙鏈，兩個鏈是反向平行的，DNA聚合酶順著其中一個鏈走，這個鏈就是負鏈，另一個鏈是反著一段一段複製的，這個是正鏈。