fpkm值的意義

fpkm不能代表表達量。fpkm是衡量基因相對錶達量一個公式。

FPKM是將Map到基因的Fragments數除以Map到Genome的所有Read數(以Million為單位)與RNA的長度(以KB為單位)。適用於單端和雙端測序。

FPKM和RPKM的區別：

不同點就是FPKM計算的是片段（fragments），而RPKM計算的是資料（reads）。

Fragment比read的含義更廣，因此FPKM包含的意義也更廣，可以是pair-end的一個fragment，也可以是一個read。

FPKM和RPKM RPKM代表每千個鹼基的轉錄每百萬對映讀取讀數。 FPKM代表每千個鹼基的轉錄每百萬對映讀取的碎片。

fpkm值的意義

雖然大於0認為是表達（實際上有的時候，檢測小於0.05的時候就認為沒有表達，統一歸為0了），但是更多的文獻認為FPKM大於等1 是有效表達，值越大也確實是表達水平高。