綾波麗為什麼會融入初號機

因為綾波麗體內有莉莉絲的靈魂，有了她就能更好的研究、控制EVA。

綾波麗是克隆自碇唯的，而碇唯的靈魂又在初號機身上，所以為了更好的控制EVA初號機，綾波麗是很有必要的一個存在。

由於綾波麗與碇唯的種種聯絡，她的存在其實也寄託了碇源渡對妻子的懷念。